Το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών (Ι.ΕΝ.Α.Ε.) ιδρύθηκε τον Αύγουστο του 1973 από τους Νίκο Τσούχλο, Peter Throckmorton, Γιώργο Παπαθανασόπουλο, Χαράλαμπο Κριτζά και άλλους φίλους της ενάλιας αρχαιολογικής έρευνας. Το Ι.ΕΝ.Α.Ε. είναι μη κερδοσκοπικός, επιστημονικός οργανισμός, ιδιωτικού δικαίου. Σκοπός του Ι.ΕΝ.Α.Ε. είναι η οργάνωση και προώθηση της ενάλιας αρχαιολογικής έρευνας στην Ελλάδα, ώστε να συμπαρασταθεί και να συνδράμει στο δύσκολο έργο που επιτελεί η Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία. Από το 1973 ως το 1976, οπότε ιδρύθηκε η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων, το Ι.ΕΝ.Α.Ε., ήταν επίσημος σύμβουλος του Υπουργείου Πολιτισμού στα θέματα υποβρύχιας αρχαιολογίας.

Το Ινστιτούτο, στα 49 χρόνια δράσης του, έχει ενεργοποιήσει σημαντικότατους φορείς χορηγίας, από τον δημόσιο και ιδιωτικό τομέα, στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Έχει διαχειριστεί επιχορηγήσεις από ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα, κρατικούς φορείς, ιδιωτικά κοινωφελή ιδρύματα, εταιρείες και ιδιώτες. Αυτό επιτυγχάνεται επειδή έχει την δυνατότητα να επιδείξει σημαντικό επιστημονικό έργο, οργανωτική επάρκεια, υψηλή συμμετοχή εθελοντών, αλλά και την ευαισθησία να αποδίδει στο ευρύ κοινό τα αποτελέσματα των προσπαθειών του. Εκτός των 500 περίπου τακτικών μελών του Ινστιτούτου στην Ελλάδα, συμμετέχουν ως αντεπιστέλλοντα μέλη, κορυφαίοι ξένοι επιστήμονες και ερευνητές στο χώρο της υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας. Το Ι.ΕΝ.Α.Ε., μέχρι προσφάτως, υπήρξε, λόγω της έλλειψης πανεπιστημιακής εξειδίκευσης στην Ελλάδα, το μοναδικό στη χώρα μας “φυτώριο” νέων επιστημόνων του εξειδικευμένου αυτού πεδίου έρευνας. Μέσα από τις έρευνές του, αλλά και χάρη στα εκπαιδευτικά προγράμματα και τα συνέδρια που έχει οργανώσει, έχουν εκπαιδευτεί πάνω από εκατόν πενήντα (150) νέοι αρχαιολόγοι, επιστήμονες άλλων ειδικοτήτων και τεχνικοί σε θέματα Υποβρύχιας και Ναυτικής Αρχαιολογίας.

Στο πλαίσιο της επιστημονικής τεκμηρίωσης και προβολής στην επιστημονική κοινότητα και το ευρύ κοινό των αποτελεσμάτων των ενάλιων ερευνών, το Ινστιτούτο εκδίδει από το 1989 το περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ. Είναι το μοναδικό εξειδικευμένο, σε θέματα ενάλιας αρχαιολογίας, επιστημονικό περιοδικό στην Ελλάδα και ένα από τα ελάχιστα διεθνώς. Το Ι.ΕΝ.Α.Ε. έχει οργανώσει επίσης σημαντικές Εκθέσεις, προκειμένου να συμβάλλει και στην ευαισθητοποίηση του κοινού στα θέματα ανάδειξης και προστασίας της ενάλιας πολιτιστικής κληρονομιάς. Το Ινστιτούτο διατηρεί σημαντικό φωτογραφικό αρχείο και εξειδικευμένη βιβλιοθήκη με περίπου 3.500 τίτλους βιβλίων και περιοδικών.